Pendekatan baru pada identifikasi patogen tanaman berbasis DNA: Suatu Kajian Pustaka

Abstract

Patogen tanaman merupakan salah satu faktor utama penyebab penurunan produktivitas pertanian dan kerugian ekonomi yang signifikan di berbagai sistem budidaya. Identifikasi patogen secara cepat dan akurat menjadi langkah penting dalam pengendalian penyakit tanaman, khususnya untuk mendukung kegiatan karantina, pemantauan penyakit, serta penentuan strategi pengelolaan yang tepat. Metode diagnosis konvensional yang bergantung pada pengamatan gejala, isolasi, dan kultur patogen umumnya memerlukan waktu relatif lama dan bergantung pada keahlian peneliti, sehingga berisiko menimbulkan kesalahan identifikasi, terutama pada tahap awal infeksi ketika gejala belum berkembang secara spesifik. Perkembangan teknologi molekuler mendorong penggunaan pendekatan identifikasi berbasis DNA yang menawarkan sensitivitas dan spesifisitas lebih tinggi dibandingkan metode konvensional. Tinjauan ini membahas berbagai metode identifikasi patogen tanaman berbasis DNA, meliputi teknik polymerase chain reaction (PCR) dan turunannya, seperti nested PCR, multiplex PCR, quantitative PCR (qPCR), nano-PCR, dan droplet digital PCR (ddPCR), serta metode amplifikasi isotermal seperti loop-mediated isothermal amplification (LAMP), recombinase polymerase amplification (RPA), dan nucleic acid sequence-based amplification (NASBA). Teknologi lanjutan seperti next-generation sequencing (NGS) dan sistem CRISPR/Cas juga dikaji berdasarkan prinsip kerja dan potensi penerapannya dalam diagnosis patogen tanaman. Hasil tinjauan menunjukkan bahwa setiap metode memiliki keunggulan yang berbeda, di mana qPCR dan ddPCR unggul dalam sensitivitas dan presisi untuk deteksi target berkonsentrasi rendah, LAMP dan RPA menawarkan kecepatan analisis serta kemudahan aplikasi di lapangan, sementara NGS dan CRISPR/Cas memberikan resolusi tinggi untuk deteksi komprehensif dan diagnosis dengan spesifisitas sangat tinggi. Tinjauan ini menekankan pentingnya pengembangan metode diagnostik berbasis DNA yang efisien dan aplikatif untuk mendukung pengelolaan penyakit tanaman dan sistem pertanian berkelanjutan.